菌种安全
施用菌种存在一定安全隐患。目前，据农业部微生物肥料质量监督检验测试中心反映，随着我国微生物肥料产品种类和剂型的不断增加，微生物肥料生产中所施用微生物的种类也增加很快，已经远远超出过去常用的一些种、属。因此，微生物肥料施用的菌种潜在一定安全隐患。我国微生物肥料管理采用登记证制度（市场准入）和年度跟踪抽查制度，并且正向产品进入市场合法、质量监管有力迈进。
加强菌肥生产的安全监督。近年来，微生物肥料所用菌种中条件病原微生物或机会性病原出现的频率加大。针对微生物肥料的生产，必须加强对肥料菌种的安全监督，严防有毒力的毒株应用于肥料生产。微生物肥料的核心是制品中特定的有效的微生物活体，一些微生物虽有特定的肥料效应，但由于是条件病原微生物或机会性病原，不能用作微生物肥料的菌种。
我国对产品质量的监管，采用跟踪抽査制度，一般一年进行一次，防止危害人民群众安全、危及农牧业生产安全的事故发生。检查的安全性指标包括菌种安全监督和产品的无害化指标，具体菌种安全监督按照农业部颁布的菌种3级管理目录进行。产品的有效性表现在提供、保持或改善植物营养和土壤物理、化学性能以及生物活性，提高农产品产量，或改善农产品品质，或增强植物抗逆性。
加强施用菌肥的监督管理
在肥料销售和生产应用过程中，必须加强微生物肥料的质量检验与菌种安全检查的监督管理；购买微生物肥料的用户，要加强对产品登记制度的了解，逐一核查产品是否登记，严格核实欲购肥料与办理登记的手续是否一致，是否存在安全问题，以确保微生物肥料的施用安全。
